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手合会起源于几个世纪前的日本封建时代，一些饱受压迫的平民逃到了伊贺和甲贺地区，他们在那里偷偷修炼技能，后来可能受到孙武的孙子兵法影响，最终形成忍术。



往后的100多年里，他们不断学习和训练，成员大都精通徒手格斗、剑术、伪装、逃遁、医学以及爆破等技能，也拥有超越常人的意志力、耐力和战斗力。他们也是间谍和暗杀专家，通常会为军阀或者富人提供他们的专业服务。手合会也拥有强大的魔法秘术，可将死人复活。



1588年，景信吉冈开始带领手合会并发展成国际组织。后来改名为蛇根，开始信奉原始恶魔黑空，变成臭名昭著的日本忍者杀手集团。



几百年以来，他们也和日本正派忍者集团纯真会发生过无数次冲突。